Jenny forsvinner sporløst fra Harstad sentrum etter en kveld på byen. Lillebroren hennes, Jakk, blir raskt anholdt og mistenkt for drap. Gutten er ute av stand til å gjøre rede for seg, og blir sendt til Åsgård psykiatriske sykehus. Jennys forsvinning forblir et mysterium.
19 måneder senere mottar lensmann Anne-May Anger melding om at Jakk har rømt etter å ha startet flere branner på institusjonen. Han er diagnostisert schizofren og anses som farlig.
Tråleren M/S Kobbetjønna klargjøres for årets siste vinterfiske og har fått en ny mann i besetningen. Underlige ulykker begynner snart å skje om bord, og når de endelig har lagt fjordene bak seg brygger det opp til en voldsom storm både på havet og i Jakks hode.
Nattseileren er en uhyggelig og kompleks kriminalroman med dramatisk nordnorsk natur som bakteppe.