Simon er netop blevet løsladt fra spjældet og er flyttet til Sydsjælland for at skabe en ny og sikker tilværelse for sin lille familie, selvom fortidens dæmoner og det hårdkogte bagland konstant spøger i baggrunden.
Mickey pønser på at flygte fra det sikrede ungdomsfængsel, hvor han driver personalet og de andre indsatte til vanvid.
Og i Holmbladsgadekvartet på Amager forsøger Jamil efter en psykiatrisk indlæggelse at få sit liv på sporet igen, men kan ikke slippe tanken om at hævne sig på Mickey og Simon, som for nogle år siden slog hans bedste ven Zeki ihjel i en rus af afstumpet had.
Guds bedste børn er en skildring af unge på kanten af samfundet – svigtet af omverdenen, fortabt i systemet, overladt til deres egen vrede. En fortælling om venskab, skyld, skam og forsoning.