Dzieje miłości Jana i Justyny ukazane na tle panoramicznego obrazu życia ziemiaństwa polskiego w dolinie nadniemeńskiej, zagrożonego przez popowstaniową politykę caratu, jednak mocno trzymającego się ziemi. Przodkowie zdobywali ją pługiem, ich potomkowie miłość do niej potwierdzili udziałem w powstaniu styczniowym. Spadkobiercami najlepszych patriotycznych tradycji są mieszkańcy zaścianka Bohatyrowicze i ci z mieszkańców dworu w Korczynie, którzy ciężką pracą walczą o przetrwanie i utrzymanie ojcowizny. Trudom codziennym i miłości bohaterów patronuje przyroda, której piękno oddała Orzeszkowa z niezrównanym mistrzostwem, godnym tradycji Pana Tadeusza.
Fabułę Nad Niemnem spaja - choć zawoalowany - problem powstania styczniowego 1863 r. Sama Orzeszkowa tak o tym pisała: "Wszystko prawie, co się dzieje w powieści, uczepionym jest do tego węzła i z niego bierze albo początek swój, albo przyczyny rozwoju. Węzeł ten z przyczyn cenzuralnych osłonięty jest woalem przemilczeń i przenośni, który z łatwością przebije oko polskiego czytelnika...".
Dla Orzeszkowej miernikiem wartości człowieka i podstawą ładu moralnego w życiu jest praca. Tak o tym pisał Stanisław Brzozowski: "Wszystkie najlepsze jej dzieła napisane zostały pod wpływem wiary w wielki zakon pracy [...]. Praca jest źródłem piękna u Orzeszkowej. Kocha ona zgrubiałe ręce i spalone przez słońce twarze. Kocha siłę dźwigających brzemię ramion".